工藤新一是全国著名的高()中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新()一找到了经常帮助他的阿笠()博士，博士为他度身()打造不()少间谍武器。为()了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐()姓埋名，暗中追查他们，希()望能得到解药。一日，新一 的女友()毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下()编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎()是一名私家侦探，新一()可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣()战！